- Yếu tố tự nhiên
Bất cứ một hiện tượng nào làm giảm chất lượng nước đều bị coi là nguyên nhân gây ô nhiễm nguồn nước. Ô nhiễm nước có thể do mưa, lũ lụt, gió bão,… hoặc do các sản phẩm hoạt động sống của sinh vật như lá cây, rễ cây mục nát, phân và xác chết của động vật.
Sự suy giảm chất lượng nước cũng có thể do đặc tính địa chất của nguồn nước như: nước ở đất phèn thường chứa nhiều sắt, nhôm; nước từ lòng đất thường chứa nhiều canxi…
Ô nhiễm nước do các yếu tố tự nhiên (xói mòn, bão, lụt,…) có thể rất nghiêm trọng, nhưng không thường xuyên, và không phải là nguyên nhân chính gây suy thoái chất lượng nước toàn cầu.
- Yếu tố nhân tạo
Hoạt động của con người hiện đang là nguyên nhân chính gây ảnh hưởng chất lượng nguồn nước. Có thể xếp thành các nguyên nhân sau:
* Do các chất thải từ sinh hoạt, y tế
Mỗi ngày có một lượng lớn rác thải sinh hoạt thải ra môi trường mà không qua xử lý. Bên cạnh đó, dân số ngày càng gia tăng dẫn đến lượng rác thải sinh hoạt cũng tăng theo.
Thành phần cơ bản của nước thải sinh hoạt là các chất hữu cơ dễ bị phân hủy sinh học (cacbohydrat, protein, dầu mỡ), chất dinh dưỡng (photpho, nitơ), chất rắn. Tùy theo mức sống và lối sống mà lượng nước thải cũng như tải lượng các chất có trong nước thải của mỗi người trong một ngày là khác nhau. Ở nhiều vùng, phân người và nước thải sinh hoạt không được xử lý mà quay trở lại vòng tuần hoàn của nước. Đây là điều kiện thuận lợi để phát sinh, lây lan bệnh tật và gây ô nhiễm môi trường.
* Do sử dụng các hóa chất, thuốc trừ sâu trong nông nghiệp quá mức
Các chất thải phát sinh từ hoạt động chăn nuôi gia súc, gia cầm như phân, nước tiểu, thức ăn thừa,… không qua xử lý và chất thải phát sinh từ hoạt động sản xuất nông nghiệp khác như thuốc trừ sâu, phân bón từ ruộng lúa, vườn rau có chứa các chất hóa học độc hại có thể gây ô nhiễm nguồn nước ngầm và nước mặt.
* Các chất thải, nước thải từ hoạt động sản xuất công nghiệp
Tốc độ đô thị hóa, công nghiệp hóa ngày càng phát triển kéo theo các khu công nghiệp được thành lập. Do đó lượng rác thải do các hoạt động công nghiệp ngày càng nhiều và chưa được xử lý triệt để thải trực tiếp ra môi trường hay các con sông gây ảnh hưởng tới chất lượng nước.