– Ban Giám đốc: Gồm Giám đốc và 02 Phó Giám đốc.

– Các phòng chức năng của Trung tâm Y tế:

+ Phòng Hành chính – Tổ chức – Tài chính

+ Phòng Kế hoạch Nghiệp vụ

+ Phòng Dân số – Truyền thông và giáo dục sức khoẻ.

– Các khoa chuyên môn của Trung tâm Y tế:

+ Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS.

+ Khoa Xét nghiệm và Chẩn đoán hình ảnh.

+ Khoa Y tế công cộng và An toàn thực phẩm.

+ Khoa Tư vấn và điều trị nghiện chất.

– Các đơn vị trực thuộc Trung tâm Y tế:

+ Phòng khám đa khoa Bà Triệu

+ Phòng khám đa khoa Mai Hương

+ Nhà Hộ sinh B

+ Trạm Y tế phường Lê Đại Hành

+ Trạm Y tế phường Nguyễn Du

+ Trạm Y tế phường Phố Huế

+ Trạm Y tế phường Cầu Dền

+ Trạm Y tế phường Bách Khoa

+ Trạm Y tế phường Phạm Đình Hổ

+ Trạm Y tế phường Bạch Đằng

+ Trạm Y tế phường Thanh Lương

+ Trạm Y tế phường Vĩnh Tuy

+ Trạm Y tế phường Đống Mác

+ Trạm Y tế phường Đồng Nhân

+ Trạm Y tế phường Thanh Nhàn

+ Trạm Y tế phường Quỳnh Mai

+ Trạm Y tế phường Bạch Mai

+ Trạm Y tế phường Minh Khai

+ Trạm Y tế phường Quỳnh Lôi

+ Trạm Y tế phường Trương Định

+ Trạm Y tế phường Đồng Tâm